軍民深度融合的過程也是拆除軍地、軍民各方利益壁壘，打破軍隊、軍工集團、地方政府、民營企業幾類主體自我封閉體系，構建開放式軍民一體化戰略體系的過程。這個過程必須拆除的壁壘聚焦于以下幾方面：
破行政壁壘的實質就是：要打破軍、民兩個相對獨立行政主體自成體系的思維定式，在強化頂層設計和政府引導的大前提下，弱化行政干預，發揮市場機制在資源配置和軍民協同發展中的主導作用。避免低水平重復建設，打通軍民資源相互轉移轉化路徑，引導創新方向，提升軍民融合協同體系的整體效益。2017年，國家層面成立了中央軍民融合委員會，統領軍委、科工局、發改委、工信部等協同部門，其核心就是要把各行政主體的主觀意志和治理慣性統一到中央的決策層面上，樹立軍民融合一盤棋的大協同意識，促發軍民融合戰略體系的整體效能。
完善武器裝備市場準入機制，拆除軍工市場準入壁壘，最大可能地擴大參與主體，特別是拓寬民營高新技術企業軍工準入渠道，是吸納社會優勢資源，提高武器裝備采購質量和效率，推動軍民深度融合的必然之舉。于2017年實行的武器裝備質量管理體系認證與武器裝備承制單位資格審查兩證合一，縮減武器裝備科研生產許可目錄以及健全競爭采購管理機制、完善軍品市場定價機制等舉措將徹底打破軍工和民口界限，拆除市場壁壘，建立競爭長效機制，在軍品科研生產能力分類管理的前提下，構建小核心、大協作、專業化、開放型武器裝備科研生產體系。隨著軍工集團公司軍品外部配套率、民口配套率納入國防科技工業統計以及軍工企業考核指標體系的進一步完善，軍民融合市場壁壘的拆除效應將進一步顯現。
軍民“二元體制結構”的固有運行體系催生了軍民技術壁壘，而技術融合是國防科技領域軍民融合的重要支撐。“二元體制結構”下，軍事裝備技術標準和民用技術產品的生產標準各成體系，軍事裝備和民用產品的關注重點不同，導致兩種標準對同一產品的標準要求差異較大。以“軍民標準通用化工程”建設為抓手，拆除軍民技術壁壘，構建開放共享的軍民標準體系，建立標準化軍民融合長效機制，對于提高軍民融合標準體系技術水平、加快推動軍民技術雙向轉移、促進國防科技工業轉型升級、推進軍民融合深度發展具有基礎性、戰略性支撐作用，是軍民融合深度發展的有效融合途徑。
拆除信息壁壘的重要途徑是：以軍民雙方需求為牽引，在軍地、軍民之間搭建一個有效的對話平臺，營造平等、自由的對話環境。
一方面利于參軍民企真正了解軍方的配套需求，開展有針對性的配套研發生產；
另一方面也利于軍方切中軍轉民的需求要害，打通軍用科技成果轉化過程中的瓶頸環節。
屏蔽軍民之間信息不對稱、合作渠道不暢的固有壁壘，使軍企、民企實現有效對接。在此基礎上，強化信息共享交換平臺的延展功能，以軍民融合數據資源建設為抓手，加強信息資源頂層設計，以數據的深度挖掘和軍民融合應用為推手促進軍民融合全局性、體系性的大數據中心建設，使平臺服務功能由拆除壁壘向提供智能化服務轉變。
軍民融合高技術產業前期投入、產業化運營及后期持續研發等全價值環節所需資金投入較大，對軍工和民營企業來講形成較高的資金壁壘。
社會資本的流動性和培育成熟的資本市場是拆除軍民融合資金壁壘，廣納社會資源可持續參與軍工高技術產業的先決條件。
搭建軍民融合投融資平臺，發展多元化產業鏈金融體系，拓展軍民融合投融資渠道，是以融促產，匯聚社會資本共推軍民融合深度發展的重要手段。
自2017年底國務院辦公廳印發《關于推動國防科技工業軍民融合深度發展的意見》，提出積極引入社會資本參與軍工企業股份制改造以來，國家范圍正著力于設立運營各級軍民融合發展產業投資基金等，引導社會資本進入軍民融合領域，股票、債券、金融衍生品等資本市場以及地方股權交易中心的平臺融資作用正在日益滲透。軍民融合重點產業投資周期長、資金需求壁壘高的難點正在加速破除。
打破軍民融合各方利益壁壘，是當下迫在眉睫的國家系統工程，所涉各方領域應以國家意志為重，以戰略發展為牽引，觀大勢，謀全局。
